Herakleion ist der älteste griechische Handelsstützpunkt in Ägypten neben Naukratis und spielte bereits im 6. Jahrhundert v. Chr. eine große Rolle im Mittelmeerhandel. Die Ägypter nennen die Stadt Thonis, was "Tor zum griechischen Meer" heißt.
Herakleion ist auf einer Reihe von kleinen Inseln an der Stelle, wo der kanopische Nilarm ins Mittelmeer mündet, gebaut. Die einzelnen Teile der Stadt sind durch zahlreiche Brücken verbunden und von Kanälen durchzogen. Das Stadtgebiet erstreckt sich bis nach Kanobos und bildet mit diesem eine Doppelstadt.
Herakleion ist Sitz einew weltbekannten Heraklesheiligtum. Der Legende nach soll der Halbgott hier nach dem Trojanischen Krieg dem Trojaner Paris und seine Geliebte Helena auf der Flucht vor König Menelaos von Spartha gerettet haben, weswegen der Tempel seit Urzeiten Asyl für Flüchtlinge ist. Der heraklesische Herakles wird mit dem ägyptischen Amun gleichgesetzt.