Das kleinere Heiligtum neben dem Serapistempel ist der Isis gewidmet.
Isis ist die mit Abstand wichtigste Göttin Alexandrias. Der alexandrinische Isiskult geht nicht direkt auf dem ägyptischen zurück, sondern wurde bereits vor der Eroberung durch Alexander den Großen in Griechenland eingeführt. Von dort wanderte er dann durch die Makedonier nach Ägypten zurück. Der Isistempel ist im griechischen Stil gebaut und auch die Göttin wird griechisch dargestellt und nach griechischer Sitte verehrt.
Isis repräsentiert das gesamte weibliche Prinzip der Natur. Sie ist die Herrin des Meeres und des Himmels, der Nacht und des Mondes, der Magie, der Fruchtbarkeit, der Herrschaft und des Gesetzes. Außerdem ist sie die Gemahlin des Osiris bzw. Serapis und Mutter des Sonnengottes Harmokrates, des jungen Horus. Der Gott Anubis ist ihr treuer Freund und Gefährte.
Isis wird als junge Frau in griechischer Tracht dargestellt. Ihre Attribute sind der Isisknoten im Gewand der Göttin, welcher das ägyptische Ankh symbolisieert sowie der Mond, der Stern Sirius und die Sonnenkrone, zwei Stierhörner, die die Sonne tragen. Oft wird sie sitzend und den kleinen Harmokrates stillend dargestellt.
Der Isistempel steht unter Oberaufsicht einer eigenen Priesterschaft, einer der größten und einflussreichsten Priesterschaften des ganzen Reiches, die ihre Zentrale auf der Insel Philae in Südägypten hat. Die Priester kümmern sich um den Kult und die Mysterien und sind im Besitz zahlreicher magischer Kräfte.
