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Misenum diente ursprünglich als Hafen von Cumae. Der von Hannibal stark zerstörte 214 v.Chr. Hafen wurde unter Augustus (27 v.Chr.-14n.Chr) zu einem der wichtigsten Flottenstützpunkte des Mittelmeeres unter der Leitung von Agrippa ausgebaut (Sueton Augustus 49; Tacitus Hist. II 9; Strabon V 4,5 f.; Cassius Dio 48,50) . Eine tragische Berühmtheit erhält Misenum durch Plinius d.ä., der als örtlicher Flottenadmiral beim Vesuvausbruch (79 n.Chr.) von hier mit einem Schiff aufbricht, um die Katastrophe aus der Nähe zu betrachten und den Betroffenen zu helfen; er bezahlt die Fahrt mit seinem Leben. Derweil hält sich sein Neffe, Pliniusd. J. in Misenum auf und konnte uns somit eine ausführliche und sehr anschauliche Schilderung der Ereignisse überliefern.
Die Militäreinrichtungen standen vermutlich auf der heute Miliscola genannten Landzunge zwischen Hafen und Meer. Der Name geht wahrscheinlich auf eine "Militum Schola" (Militärschule) an dieser Stelle zurück. Aus Grabinschriften geht hervor, daß in Misenum 6000 Mann mit 17 liburnae, 52 dreirudrigen, 10 vierrudrigen eine fünfrudrige und eine sechsrudrige Galeere lagen.
Über ca. 400 Inschriften überliefern uns Namen von Matrosen, Offizieren und Schiffen der "classis praetoria misenensis".
Gegenüber dem Kap Miseno (ca. 30 km Luftlinie) befindet sich auf der Insel Capri eine Leuchtturmruine (torre del faro). Die Ruine, auf einem quadratischen Sockel mit 12 m Seitenlänge, ist bis zu 23 m hoch erhalten und besteht aus einem Kern aus Gußmauerwerk (opus caementitium) mit Ziegelverkleidung. Seine Funktion muß sicherlich als Signalstation in Sichtweite von Miseno bestanden haben.