Die Classis Romana gliedert sich in mehrere Flotten, die nach Hauptflotten (classes maior), kleineren Seeflotten (classes minor) und Flussflotten (classes fluviatilis) unterschieden werden. Dazu kommen untergeordneten, aber von eigenen Stützpunkten aus operierenden Teilflotten (numeri). Die Hauptflotte in Misenum ist für das westliche Mittelmeer zuständig und die in Ravenna für die Adria (Mare Adriaticum) und das östliche Mittelmeer, wobei sie von der Classis Augusta Alexandrina und der kleineren Classis Syriaca unterstützt wird. Im Schwarzen Meer (Pontus Euxinus) ist die Classis Pontica stationiert und die Classis Britannica überwacht den Ärmelkanal (Oceanus Britannicus), sowie den schiffbaren Teil der Themse (Tamesis). Auf dem Rhein (Rhenus) patrouilliert die Classis Germanica und auf der Donau (Danuvius) die Classes Pannonica und Moesica.
Die beiden in Italia stationierten Flotten unterstehen direkt dem Kaiser, die anderen den jeweiligen Statthaltern. An der Spitze einer jeden Flotte steht ein Praefectus Classis, der bei den Hauptflotten und der Classis Augusta Alexandrina von einem Subpraefectus unterstützt wird. Der Dienst in der Flotte steht sowohl Männern mit und ohne Bürgerrecht offen und gliedert sich bei den Seeflotten in einen militärischen und einen nautischen Teil. Bei den Flussflotten mit ihren kleineren Schiffen wird auf eine eigenständige Marineinfanterie verzichtet.
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