Im Gebäude gegenüber der großen Synagoge tagt der Sanhedrin, oft auch griechisch Synedrion genannt, ist die Ratsversammlung der jüdischen Gemeinde Alexandrias. Der Sanhedrin besitzt eine weitgehende Autonomie in Fragen der Religion, der Gemeindeverwaltung und der Diskussion einfacher Rechtsfragen. Administrativ ist er jedoch der Polis Alexandreia, politisch, rechtlich und religiös dem Praefectus Aegypti unterstellt.
Der Sanhedrin wird von einen Ethniarchos geleitet und besteht aus den 23 Oberhäuptern der wichtigsten hebräischen Familien Alexandrias, eine aristokratische Schicht, die sich auf verwandtschaftliche Verbindungen mit den Hasmodäern, dem Herodischen Herrscherhaus und anderen Aristokraten Iudäas zurückführen lässt. Ein weiteres wichtiges Kriterium für die Aufnahme in den Rat ist eine strenge Befolgung der Sitten und Gesetze der Thora, wobei seit der Zerstörung des Zweiten Tempels in Ierusalem einige Unklarheit in der Auslegung besteht. Während einige Wenige noch an den sadduzäischen Traditionen der alten palästinensischen Elite festhält, setzt sich immer mehr die pharisäische, rabbinische Tradition durch. In der Regel wird der Rat von gemäßigten und hellenophilen Männern regiert, die immer mehr Schwierigkeiten haben, die in viele verschiedene Sekten gespaltene Bevölkerung des Viertels unter Kontrolle zu behalten.