Kydonia (von den Römern auch Cydonia genannt) ist neben Knossos und Gortyna eine der drei großen Städte auf der Insel Kreta und wurde der Legende nach von König Kydon, Sohn des Götterboten Hermes und der Prinzessin Akakallis, gegründet. Kydonia besitzt einen geschützten Naturhafen und liegt an der Nordküste Kretas, östlich der Rodopos- und westlich der Akrotiri-Halbinsel am Kretischen Meer. Kydonia beherbergt ein Heiligtum der Artemis Diktynna, genauso wie einen Tempel der Britomartis am nahe gelegenen Berg Tityros. Seine Einwohner sind berühmt für ihre gekelterten Weine und ebenso für ihre Kunstfertigkeit mit Pfeil und Bogen.
Kydonia kam 69 v. Chr. zu Rom und wurde
30 v. Chr. durch Augustus zur autonomen Stadt erklärt. Heute liegt Kydonia in der römischen Provinz Creta et Cyrene.